รถไฟในญี่ปุ่นนั้น มีมากมายหลากหลายประเภท ซึ่งรถไฟแต่ละประเภทก็จะเหมาะกับความต้องการที่แตกต่างกันของผู้ใช้งาน ตัวอย่างเช่น รถไฟชินคันเซ็น เป็นการเดินทางระหว่างเมืองที่เร็วที่สุด และหยุดที่สถานีหลักๆ ในแต่ละเมือง

* รู้จักในชื่อ “รถไฟหัวกระสุน” ซึ่งเป็นรูปแบบการเดินทางที่เร็วที่สุดในญี่ปุ่น โดยมีป้ายจอดน้อยมาก เมื่อเปรียบเทียบกับรถไฟด่วนหรือรถไฟธรรมดา 
* รวมอยู่ใน JR Pass ทั่วประเทศ ยกเว้นสาย Nozomi และ Mizuho

* รถไฟด่วนพิเศษมีให้เลือกมากกว่า 100 ประเภท โดยมีจำนวนป้ายจอดที่จำกัด จึงวิ่งได้เฉพาะสถานีหลักของญี่ปุ่นเท่านั้น 
* รวมอยู่ใน JR Pass 

* ป้ายจอดที่จำกัด ครอบคลุมบริการรับส่งสนามบินหลัก เช่น สนามบินนานาชาติฮาเนดะ (Tokyo Monorail), สนามบินนานาชาตินาริตะ (Narita Express) และสนามบินนานาชาติคันไซ (Haruka Express) 
* รวมอยู่ใน JR Pass

* ป้ายจอดที่จำกัด ไม่ต้องเสียค่าโดยสารพิเศษเพิ่มเติม 
* สามารถขึ้นรถไฟได้ด้วยตั๋วรถไฟธรรมดา 
* รวมอยู่ใน JR Pass

* รถไฟธรรมดาสามารถเดินทางจากสถานี A ไปยังสถานี B หรือวิ่งวนรอบได้ทั้งสองทิศทาง (เช่น เส้นยามาโนเตะในโตเกียวหรือเส้นวนรอบโอซาก้า)
* มีป้ายจอดทุกสถานีจึงไม่แนะนำสำหรับการเดินทางระยะไกลเนื่องจากจะใช้เวลาเดินทางที่ยาวนาน
* รวมอยู่ใน JR Pass

* รู้จักกันในชื่อ รถไฟธีมพิเศษเหล่านี้มักจะป็นรถไฟที่มีรูปตัวละครหรือรถไฟที่มีลักษณะการออกแบบที่เป็นเอกลักษณ์ เช่น. รถไฟปิกาจู (รถไฟ POKÉMON with YOU), FruiTea Fukushima (รถไฟคาเฟ่พร้อมของหวานและเครื่องดื่มที่ทำจากผลไม้ตามฤดูกาลจากฟุกุชิมะ)